Clock Zero 终焉之一秒

2010年秋。

小学6年级的主人公——九楼抚子，就读于都内的私立学校「秋霖学园」。
她与青梅竹马的理一郎一起过着相对安稳的学生生活，但从某个时期开始，她几乎每天都做不可思议的梦。
——梦中的世界既灰暗又阴郁，红蓝双色点缀的黑暗天空，笼罩着一个荒芜的世界。

某一天，抚子和理一郎被新任教师・神贺旭叫了出来。
同样被叫到教室里来的学生有6人，包括其他班级的问题学生、话题学生和低年级学生。
这时老师对大家说「要给你们这些问题学生一些课题」。

成员们必须与在场的同伴们一起完成老师下达的「课题」。
在度过辛苦却充实的校园生活同时，出现了逐渐吞噬【现实】的各种谜团。

然后，在为这些谜团而烦恼的抚子面前，出现了曾经在【梦中世界】见过的人物。

与似曾相识的「他」的相遇，推动了命运的齿轮……